Pajbjergfondens formål har siden oprettelsen i 1920 været formuleret således:

"Fondens formål er gennem forædlings-
og forskningsvirksomhed indenfor
planteavl forsat at sikre dansk landbrug et
uafhængigt udviklingsarbejde på dette område."

I nutidigt sprogbrug fortolker fondens bestyrelse indholdet på følgende måde:

• Med "forædling og forskningsvirksomhed" menes alle de fagdiscipliner, der er involveret i moderne planteforædlling uanset, hvorledes disse er organiseret eller geografisk placeret i verden.

• Med "planteavl" menes primært avl af de til enhver tid mest udbredte nytteplanter.

• Med "dansk landbrug" menes virksomheder, der enten har rod i eller helt eller delvis er placeret i Danmark.

• Med "uafhængigt" menes, at Fonden selvstændigt beslutter, hvilke aktiviteter der skal støttes med finansielle midler.

• Med "udviklingsarbejde" menes, at Fonden aktivt vil fremme vækst og udvikling via investeringer, tilskud - herunder tilskud til planteforædlingens infrastruktur, såsom bygninger til forsøg, bygninger til uddannelse, jord, mv. -  og aktiv deltagelse i relevante aktiviteter - herunder støtte til uddannelsesformål.

Bestyrelsen er bestemmende i alle fondens forhold og ansvarlig for, at forædlingsindsatsen videreføres i overenstemmelse med fondens formålsparagraf.

Man kan ikke søge Fonden om midler.

Fondens midler anvendes i henhold til Fondens til enhver tid gældende investeringsstrategi.